Xã Sán Chải nằm ở phía đông bắc của huyện Si Ma Cai, có vị trí địa lý:

• Phía đông giápː xã Pà Vầy Sủ huyện Xín Mần tỉnh Hà Giang (ranh giới tự nhiên là sông Chảy), và xã Lùng Thẩn
• Phía tây giáp xã Quan Hồ Thẩn và thị trấn Si Ma Cai
• Phía nam giáp các xã Cán Cấu và Quan Hồ Thẩn
• Phía bắc giáp thị trấn Si Ma Cai và các trấn Tiểu Bá Tử (小坝子, ở đông bắc), Kim Xưởng (金厂, ở góc đông đông bắc)[4] huyện Mã Quan châu Văn Sơn tỉnh Vân Nam Trung Quốc (đường biên giới với Trung Quốc dài 2,75 km[2] trên ranh giới tự nhiên là sông Chảy).